La Fédération médicale étudiante du Québec constitue l’entité représentant la voix des quatre associations médicales du Québec, afin de promouvoir les intérêts et de servir tous ses membres, c’est-à-dire plus de 4000 étudiants en médecine du Québec. Pour faciliter sa tâche, la FMEQ s’est dotée d’une organisation bien définie. De façon résumée, il existe quatre instances décisionnelles aux rôles et aux devoirs distincts très bien définies dans les Règlements Généraux de la fédération (voir section du même nom), soit le Congrès, le Conseil général, le Conseil exécutif et le Conseil d’administration.